С началом Великой Отечественной войны руководство тыловым обеспечением боевых действий Красной Армии возлагалось на общевойсковые штабы. Только в августе 1941 года было создано Главное управление тыла рабоче-крестьянской Красной Армии, в состав которого входил штаб. На фронтах и в армиях были созданы организационно-плановые отделы, которые решением Государственного комитета обороны от 19 мая 1942 года реорганизовали в штабы управлений тыла. Эта дата принята за точку отсчета истории штаба тыла.